może użyj booleana, następnie zaznacz powierzchnię wody, użyj na niej detach, przejdź do modelu doliny i wszystkie vertexy powstałe przy booleanie połącz z wcześniej istniejącymi poprzez target weld? przy high poly bardzo dużo roboty, ale przy low możesz się pomęczyć. no i trzeba być uważnym. z drugiej strony nie wiem, czy nie pojawi się niewidzialna pustka między dolną częścią doliny, a górną w miejscu występowania wody, bo wtedy musiałbyś się bawić jeszcze collapse.
druga metoda:
mógłbyś też skopiować dolinę obok, na niej wykonać booleana, zdetachować powierzchnię wody, po czym przesunąć ją na model pierwszej doliny. szybciej, bez błędów. właśnie mi do głowy wpadło.