Akurat ten twój problem nie jest z tym związany, to że gui w normalnych sytuacjach jest na wierzchu to raczej normalna sprawa. Z mojego punktu widzenia problem tkwi w tym że postanowili sobie że gui będzie nie-obiektowe. To co jest rysowane na ekranie nie posiada żadnej obiektowej reprezentacji, za każdym razem jest rysowane od nowa z parametrami podanymi w funkcji odpalanej w pętli analogicznej do update. Ja zrobiłem sobie nakładkę gdzie wszystko jest obiektem analogicznym do innych na scenie, ale "w tle" korzystającym z normalnego systemu.