Po tym co widzę, nie wydaje mi się żebyś był w stanie coś zrobić. Skanowanie pendrive'a narzędziem do naprawy uszkodzonych sektorów najprawdopodobniej usunie te pliki. Nawiasem mówiąc to co zrobiłeś było nierozsądne - pendrive'y nie są bezpiecznym sposobem do przenoszenia takich danych w trakcie formatowania dysku. Lepiej wrzucić do chmury. Ja sam nadziałem się na taką sytuację z pendrivem wiele razy (z plikami działo się to samo, albo znikały całkiem), ale biorąc pod uwagę ryzyko NIE kasowałem najpierw danych oryginalnych (tak więc mogłem je skopiować jeszcze raz gdzie indziej).