Najważniejszą różnicą jest to, że plik .zen w wersji uncompiled zawiera tylko ścieżki do zasobów (np: modeli) na dysku które są umieszczone na mapie, natomiast w wersji compiled (skompilowanej) zasoby te są umieszczone już w pliku .zen, przez co jego rozmiar w tej wersji może być dużo większy. Dodatkowo zen w wersji uncompiled może być zapisany na dwa sposoby: jako ascii czyli w wersji tekstowej, plik taki możemy otworzyć za pomocą np: notatnika i przeglądnąć jego strukturę. Drugi sposób zapisu w wersji uncompiled to binary, w tym przypadku kolejne bajty w pliku odpowiadają bezpośrednio pewnym informacjom z formatu zen, przez co jest szybszy w interpretacji niż wersja ascii (w tym przypadku przed taką informacją występuje opis tekstowy). Podsumowując. Wersja uncompiled formatu zen dużo lepiej nadaje się do testów, gdyż za każdym razem kiedy zapisujemy zena do pliku dodawane są tylko odnośniki do zasobów, przez co plik jest mniejszy i zapisuje się szybciej (wadą tego rozwiązania jest to, że silnik jest zmuszony szukać zasobów w różnych miejscach dysku dlatego wczytanie takiej mapy może trwać dłużej niż w wersji skompilowanej). Wersja compiled powinna natomiast być użyta w ostatecznej wersji mapy, która znajdzie się w modzie udostępnionym graczom.