Kiedyś tak miałem, że w viewporcie wszystko wyglądało OK, natomiast na renderze tło nie było do końca przezroczyste. Zupełnie nie wiem, czemu tak się działo.
Odnośnie problemu: oprócz nałożenia tekstury jako Opacity Map, zdaje się, że można także w ustawieniach diffuse coś tam pogrzebać (na samym dole w Material Editorze) i efekt jest ten sam.