A nie ma możliwości "podpiąć" tych animacji do modelu spowrotem?
Nie ma
Nie pisz jak sie nie znasz
Sam import/eksport animacji nie skasuje, oczywiście wyjątkiem jest eksportowanie do złego formatu. Nawet modyfikacja mesha przeprowadzona poprawnie nie powinna przynieść katastroficznych skutków. Wystarczy jak Mark mówi opuścić trochę model, chociaż to może spowodować parę innych błędów (model nadal będzie obracany względem podwyższonej pozycji, trzeba sprawdzić czy przez to nie będzie to dziwnie wyglądało).
Twój problem zapewne polega na nie usunięciu wersji skompilowanej, znajdującej się w folderze _compiled. Jeśli nie możesz tego znaleźć, zastosuj rozwiązanie tymczasowe - po prostu zmień nazwę modelu, na przykład dodaj _V2 na końcu (przed rozszerzeniem oczywiście) wtedy też musisz pamiętać by zmienić to w skrypcie.