Brzmi jak zepsuty dysk. Jeśli chcesz być w stu procentach pewien, weź drugi pendrive i zainstaluj na nim linuxa tak, jakbyś chciał zainstalować go na zwykłym dysku. Jeśli "pełna" instalacja będzie tam działała poprawnie, wymień dysk.
Z oczywistych rzeczy, sprawdź taśmy i zasilanie dysku. Miałem problemy tego typu w laptopie ze złączem sata, które nie do końca łączyło.