Z tych które pamiętam i udało mi się na szybko znaleźć:
http://labsome.rmit.edu.au/files/simongoughthesis.pdf (eng)
https://wiki.puella-magi.net/Cage_Named_Maturity (jap, ale da się znaleźć częściowe tłumaczenie eng)
https://wiki.puella-magi.net/Super_Decryption_Madoka_Magica (jap)
Jest tego o wiele więcej, z tym że część nie została "naprawdę" opublikowana, to nieraz np bardzo długie i będące poważnymi analizami wpisy na blogach.
Wiki jest bardzo rozległe, zawiera niesamowite ilości skanów (w tym w wysokich rozdzielczościach) i tłumaczenia całych długaśnych książek - jak
http://wiki.puella-magi.net/Puella_Magi_Madoka_Magica_The_Beginning_Story które zawiera wczesne wersje scenariusza.
Ja mam na dysku prawie 2.5gb artworków, artykułów i notatek. A oprócz tego jeszcze sporą kolekcję muzyki (powstawały np albumy z alternatywnymi interpretacjami motywów muzycznych z Madoki), trochę najciekawszych klipów z YT (np
http://www.youtube.com/watch?v=61qXcPjs5So) no i sam film oraz serial.
Wracając do motywu break the cutie, to sekcja o Madoce z artykułu o tym na tvtropes wiki (
http://tvtropes.org/pmwiki/pmwiki.php/Main/BreakTheCutie) zasługuje na zacytowanie (UWAGA SPOILERY!) (nie wkładam w tag spoiler, bo wtedy nie widać linków, których tu pełno).
Własne notatki powiadasz, to musi być ciekawe, bardzo ciekawe.... 
Tutaj się rozpisałem, ale przed wysłaniem doszedłem do wniosku że jednak lepiej jak nie będę na ten temat jeszcze pisał :<
W skrócie: pracuję nad czymś "w tle", i o ile moje zainteresowanie tą tematyką wytrzyma co najmniej parę lat, to może coś z tego będzie
To że alternatywne interpretacje Madoki mają wielki potencjał, pokazują już istniejące fanfiki. Zmienić setting + i zamiast na oryginalnej historii, skupić się na urwanych, tajemniczych wątkach (jak wspominany przeze mnie związek Homury z Walpirgisnacht), przedstawić niektóre fakty w lekko zmieniony sposób (np kiedy poczyta się materiały produkcyjne na temat wiedźm, sam nasuwa się wniosek, że bariery nie są tym czym twierdził Kyubey że są - czyli sposobem którym wiedźmy chronią się przed ludźmi - są raczej ich więzieniami, w których na dodatek są zmuszone wiecznie przeżywać najtragiczniejsze, zwykle końcowe momenty swojego życia) i mamy receptę na coś co mogłoby być całkiem ciekawe

Może wrócę (ale już raczej na pw) do tego tematu za parę miesięcy jak już uporządkuję te notatki, których ilość jest spora, ale stopień organizacji niewielki (ponad 30 plików txt z zawartością podzieloną kategoriami, które w sumie mają > 1/3mb).