PERL

[Żadna Głupia Spółgłoska]

Siema,

Wygląda na to ze wpakowałem się jak mucha w gówno  A dokładnie najwyraźniej w celu pracy nad dysertacją (pracą licencjacką) będę musiał nauczyć się kodować/obsługiwać PERL i wychodzi na to, że tego się po prostu ode mnie oczekuje jako oczywistości  Jak na razie muszę jedynie przeprowadzić dwie proste operacje, tzn. wykonać dwa skrypty, które mam gotowe (A) na dwóch plikach (B), tworząc kolejne pliki wynikowe (C).

Czy ktoś się orientuje co muszę wpisać w command line, żeby słowo stało się ciałem? Chyba jestem na to zbyt głupi (albo zbyt leniwy). Moje skille są w tej kwestii praktycznie zerowe i dojście do tego z użyciem Googli może zająć mi chwilę.

Z drugiej strony, problem jest jeszcze taki, że te dwa pliki mają łącznie około 4,2GB wielkości (pliki tekstowe), a więc te dwie operacje dorobią jeszcze dwa razy tyle - a ja nawet nie mam tyle miejsca na dysku


Pomóżcie proszę

[Adanos]

Nie znam się na Perlu, ale może ci się to przydać: http://www.kt.agh.edu.pl/perl-faq/Uruchamianie

Chcesz wykonać skrypty na Windowsie, Linuksie? Masz zainstalowany Perl: http://www.perl.org/get.html?

Nie wiem, jak działa Perl, ale normalnie spróbowałbym coś w stylu

Kod: [Zaznacz]

perl "skrypt.perl" < "nazwa_pliku_wejściowego" "nazwa_pliku_wejściowego2" > "nazwa_pliku_wyjściowego"
Możliwe że będziesz musiał podać całą ścieżkę do pliku, jeśli nie będziesz chciał wykonać skryptu w katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe.

[Żadna Głupia Spółgłoska]

PERLa już zainstalowałem. Przejść do konkretnego katalogu umiem. Spróbuję z tym co podałeś, dzięki.

[mgr Fartuess]

masz wyszukać fragment tekstu w megadługim pliku używając Perla? Miałem to na jednych ćwikach z automatów i języków formalnych. Perla nie umiem, ale coś tam musiałem wykombinować. Jeśli twoje zadanie jest takie jak powiedziałem, to daj znać. Zalinkuję materiały z zajęć.

[Żadna Głupia Spółgłoska]

Pliki wyglądają mniej więcej tak:

Kod: [Zaznacz]

>scaffold9
TAGGATGAAGAAATAATGCTACCATCATTTGTAAACCTTAATAGCACTTTTAAAAAATTCTTTTTGGTATTCTCCAGTGTTCAGTGATTCATTTTGATAAAAAAAAATCTGTCTTCTTATCTGATTTAATTTTAAGGTATATTTTGGCAGAATTTTTTCTGTCTTCAATTCATTTGGAACTGCAGAGTTTGTTGTCTATTGTAATTCTTCTTCCTGAGTTTACGTTACTTTTTAAAAGAATTTTTGAAAACTATGGTTCTGTATAGTTTGATTTTTAAAGTTACTTTCTGTATTTTTTTGCTTTTCAATTATCTAGCCATTGTTGTTCAGTCTCACAGTTGTGTTCGACTCTTTTTGACCCCATGGGCTGCAGGCTTCCCTGGCCTTCACTATCTCTTGGAATTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGCCATCCAACCATGTCATCTTTTGTCACCCCCTTCTCCTCCTATCTTCAATTTTTCCCAGCATGAGGGTCTATTCTAATGTo całe jest uznawane przez skrypt jako jedna linia. Takich linii są tysiące. Pierwszy skrypt ma za zadanie przeliczyć ilość nukleotydów w każdej linii i dodać tę informację do pliku:

Kod: [Zaznacz]

>scaffold9 887
TAGGATGAAGAAATAATGCTACCATCATTTGTAAACCTTAATAGCACTTTTAAAAAATTCTTTTTGGTATTCTCCAGTGTTCAGTGATTCATTTTGATAAAAAAAAATCTGTCTTCTTATCTGATTTAATTTTAAGGTATATTTTGGCAGAATTTTTTCTGTCTTCAATTCATTTGGAACTGCAGAGTTTGTTGTCTATTGTAATTCTTCTTCCTGAGTTTACGTTACTTTTTAAAAGAATTTTTGAAAACTATGGTTCTGTATAGTTTGATTTTTAAAGTTACTTTCTGTATTTTTTTGCTTTTCAATTATCTAGCCATTGTTGTTCAGTCTCACAGTTGTGTTCGACTCTTTTTGACCCCATGGGCTGCAGGCTTCCCTGGCCTTCACTATCTCTTGGAATTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGCCATCCAACCATGTCATCTTTTGTCACCCCCTTCTCCTCCTATCTTCAATTTTTCCCAGCATGAGGGTCTATTCTAATGNatomiast drugi ma wybrać te, które są >=100000 i wrzucić je do nowego pliku.

Wychodzi jednak na to, że problem jest nie ze skryptami (bo jak je uruchomić w commandline już rokminiłem), tylko z moim komputerem - 2GB RAMu i 5GB pliku stronicowania to za mało  Zdecydowaliśmy, że zostanę podłączony do wydziałowego clustera (~150 komputerów), bo inaczej ominąć ograniczenia sprzętowe chyba nie da rady. W każdym razie dzięki za pomoc.

Materiały z chęcią przejrzę.