Mija 5 lat od wydarzeń z drugiej cześci modyfikacji. Bohater wraz ze Scamerem dorobili się fortuny na produkcji i handlu barwionymi mieczami. Związek bohatera z Marysią rozwinął się do tego stopnia, że para wzięła ślub. Również Scamer nie próżnował i odnalazł miłość swojego życia w osobie Moniki. Pary wyprowadziły się z rodzinnej wyspy znanej z 1 i 2 części i przeprowadziły do Khorinis. Ale w przypadku naszych bohaterów nie ma mowy o zwykłej przeprowadzce, co to to nie!
Scamer wykorzystując swój spryt przejął władzę w mieście a dzięki temu dorobił się jeszcze większej fortuny. Główny bohater został za to jest zastępcą, drugą najważniejszą osobą w mieście.
Sielanka i spokój bohaterów kończy się, gdy pewnej nocy protagonista budzi się w środku nocy. Nawiedza go jego dawna "znajoma" którą zabił w części drugiej. Oznajmia go przed nieszczęściami jakie spadną na miasto a pośrednio także na bohaterów. Ten zdaje się tym nie przejmować jej słowami... do czasu.
Gdy budzi się następnego dnia, w jego domu pojawia się Scamer. Informuje go o aferze jaka wybuchła w mieście. Lokalna stocznia budująca nowoczesny i ogromny statek upada. Jeśli nasi zarządcy miasta nic z tym nie zrobią, niezadowolenie mieszkańców (a powiązani z aferą są prawie wszyscy!) przekieruje się na nich. Musisz więc rozwiązać tą zagadkę i ukarać winnych.

A przy okazji poznasz bliżej mieszkańców Khorinis, zwłaszcza tych nietypowych, i pomożesz im w rozwiązaniu ich problemów. Kto wie, może w przyszłości sami ci pomogą?