Różnią się, to są dwa inne modele, problem został już chyba rozwiązany ;).
@Edit
Dla tych, których może interesować rozwiązanie problemu:
Gothic Sourcer przy dekompilacji GOBBO.MSB pomija wspomniany model szkieleta goblina (GOBBO_SKELETON_BODY.ASC).
Problem możemy rozwiązać poprzez podmienienie pliku animacji lub modelu który się dekompiluje w Gothic Sourcerze.
Musimy dokonać podmiany pliku w katalogu:
Gra/_work/data/anims/_compiled
na ten, który chcemy zdekompilować, po czym puszczamy ponownie dekompilacje w Gothic Sourcerze i mamy model, jej ;).